Tháng 10 ÂL cùng năm, Đại Du được dời sang trấn giữ Nam Cám; năm sau đổi đi Quảng Đông. 2 vạn Uy khấu ở Triều Châu hợp với nghĩa quân Ngô Bình làm thế ỷ giốc, còn có nghĩa quân Lam Tùng Tam, Ngũ Đoan, Ôn Thất, Diệp Đan Lâu của các động, hàng ngày cướp bóc Huệ, Triều. Người Phúc Kiến là Trình Thiệu Lục làm loạn Duyên Bình, Lương Đạo Huy quấy nhiễu Đinh Châu; Đại Du dựa vào uy danh trấn nhiếp nghĩa quân, một mình một ngựa vào doanh của Thiệu Lộc, thuyết phục ông ta trở về động, nhân đó lệnh cho Thiệu Lộc đuổi cả Đạo Huy trở về, vì thế hai cánh nghĩa quân đánh lẫn nhau rồi cùng bị diệt. Huệ Châu tham tướng Tạ Sắc bị nghĩa quân Ngũ Đoan, Ôn Thất đánh bại, phao tin "Du gia quân" đến, khiến họ sợ hãi, Ngũ Đoan bèn đem các tù trưởng ra hàng. Chẳng bao lâu, Đại Du quả nhiên đến, quan quân bắt được Ôn Thất. Ngũ Đoan tự trói mình, xin giết Uy hiệu lực, Đại Du sai làm tiền khu. Quan quân vây Uy khấu ở Trâu Đường (nay là trấn Cửu Hồ, Long Hải), một ngày đêm hạ được 3 ổ cướp, chém chết hơn 400 người, rồi đại phá chúng ở Hải Phong. Uy khấu chạy cả đi các áo (vịnh nhỏ) Khi Sa, Giáp Tý, cướp thuyền chài ra biển, phần nhiều bị gió đánh chìm, còn hơn 2000 tên cướp quay về Kim Tích Đô thuộc Hải Phong (nay là trấn Đào Hà). Đại Du vây bọn cướp 2 tháng, chúng hết lương thực, muốn chạy; phó tướng Thang Khắc Khoan đặt mai phục đón đánh, chém được 3 viên kiêu tướng của địch; bọn tham tướng Vương Chiếu kéo đến, khiến bọn cướp tan rã. Đại Du dời quân về Triều Châu, lần lượt hàng phục Lam Tùng Tam, Diệp Đan Lâu; sau đó sai sứ chiêu hàng Ngô Bình, cho phép hắn đóng quân ở Mai Lĩnh (nay là Chiếu An). Không lâu sau Ngô Bình lại nổi loạn, đóng mấy trăm cỗ chiến hạm, tập hợp hơn vạn người, đắp 3 thành cố thủ, cướp bóc quận, huyện ven biển. Phúc Kiến tổng binh quan Thích Kế Quang tập kích Bình, hắn trốn về giữ Nam Áo.

Mùa thu năm thứ 44 (1565), Ngô Bình xâm phạm Phúc Kiến, giết bọn bả tổng Chu Ki ngoài biển. Đại Du nắm thủy binh, Kế Quang nắm lục binh, giáp kích nghĩa quân ở nam Áo, đại phá được. Bình gần như một mình chạy thoát, chiếm cứ Phượng Hoàng Sơn thuộc Nhiêu Bình. Kế Quang ở lại Nam Áo, bộ tướng Đại Du là bọn Thang Khắc Khoan, Lý Siêu đuổi nà, nhưng liên tiếp thua trận, nên Bình cướp được thuyền dân chạy ra biển. Mân Quảng tuần án ngự sử Giao Chương hặc Đại Du, khiến ông chịu đoạt chức (sau đó Ngô Bình bị Thang Khắc Khoan đánh bại ở Vạn Kiều sơn, không rõ tung tích).

Nghĩa quân ở Hà Nguyên, Ông Nguyên là bọn Lý Á Nguyên hoành hành, Mân Quảng tổng đốc Ngô Quế Phương lưu Đại Du ở lại để đánh dẹp, trưng 10 vạn quân, chia 5 lộ mà tiến. Đại Du sai gián điệp dò xét rồi đánh úp sào huyệt nghĩa quân, bắt sống Á Nguyên, chém được 14000 người, giành lại hơn 8 vạn nam nữ bị nghĩa quân bắt đi; ông được nhận lại chức. Nhà Minh có lệ lấy huân thần nắm binh quyền của Lưỡng Quảng, cùng tổng đốc trấn giữ Ngô Châu; Minh Thế Tông theo lời bàn của Cấp sự trung Âu Dương Nhất Kính: Lưỡng Quảng đều đặt đại soái, bãi huân thần. Vì vậy triều đình triệu Cung Thuận hầu Ngô Kế Tước về kinh, lấy Đại Du làm Quảng Tây tổng binh quan, thêm ấn Bình Man tướng quân. Từ đây Lưỡng Quảng đặt chức soái (Lưu Hiển làm Quảng Đông tổng binh quan).

Sau khi Ngũ Đoan chết, đồng đảng là Vương Thế Kiều lại nổi dậy, bắt giữ đồng tri Quách Văn Thông. Đại Du liên tiếp đánh bại nghĩa quân, bộ hạ của Thế Kiều bắt hắn ta dâng lên; ông được thự Đô đốc đồng tri.

Đồng đảng của Ngô Bình là hải tặc Tằng Nhất Bổn đã hàng lại phản, bắt Trừng Hải tri huyện, đánh bại quan quân, khiến thủ bị Lý Mậu Trung trúng pháo mà chết. Có chiếu cho Đại Du tạm đốc quân Quảng Đông phối hợp đánh dẹp. Năm Long Khánh thứ 2 (1568), Nhất Bổn xâm phạm Quảng Châu, rồi xâm phạm Phúc Kiến, Đại Du hợp quân với Quách Thành, Lý Tích, bắt diệt hắn ta. Xét công, Đại Du được tiến Hữu đô đốc.